电视剧开始就以宝玉将要完成卧底任务归来，可是一个阿莺的幕后黑手的出现，让宝玉得不得放弃明明可以回归的想法，继续卧底的生涯。大毒枭金飞佯装失忆，本来都在章控制之中，以为最后的结局是胜券在握，却在最后顺利逃往泰国，幸好重新发展了一个新的卧底，程宁宁，否则观众是要开骂的。
宝玉与关晓智的爱情，本来以为到最后可以顺理成章的在一起，可是最后只能喊姐姐了，第一部糖果的的求婚为线索，在第二部，要与宝玉并肩作战，成为新cp，为关晓智大为惋惜，不过剧情不这么发展，怎么强行进行《卧底归来2》。
为了缉毒事业的连忠，在连串的打击下自毁形象，接近毒枭，穿插于各色人物之间，每每表现出的坚韧，愤怒，忧思，都让人觉得卧底神圣，伟大，艰巨，而又隐忍，与宝玉向来的痞子形象，更具烧脑成分，不过，最后，连忠朝自己连开四抢预示着卧底2是否又要有一个新的突破呢？
大毒枭九爷死了，白讯文死了，秦越高达死了，杨欢是怎么死的？未能看见死时候的秦越高达真的死了吗？糖果代替关晓智怎样辅助宝玉接近金飞，未接受训练的程宁宁能否顺利完成卧底任务？静待《卧底归来2》开播。
《卧底归来》第二部开拍及播出时间是所有网友最的，想必在《卧底归来2》中将会高潮不断。毕竟第一部中留下了那么多“坑”。其中一个就是美女杀手杨欢是被谁杀死的?宝玉是如何把林莺从莫钦那里带回来的?高达有没有死?九爷有没有死?宝玉是化妆侦查员的事情大家都已经很明显了，为啥金飞不知道?这些疑惑都将会在第二季中给大家一个完美的解答!
在《卧底归来》第一部大结局中，宝玉在医院取出子弹之后，将跟踪器植入伤口之中，他的任务就是见到金飞之后，将金飞的位置发送给组织。显示屏上显示出监控信号，打草惊蛇计划已经完美落幕了，金飞、莫钦两人已经完全暴露在房庆隆的视线下，警方已经撒开了一张无形的大网，正在向金飞和莫欣悄悄收拢，正邪较量一触即发。
《卧底归来》第一部主要讲了打草惊蛇，第二部要讲的捕蛇落袋，据悉，《卧底归来》第二季还未开拍，现在还没有宣布，第二季估计还要再等一段时间，但是肯定会播出的。
