高飞在酒桌上和张光墨等人推心置腹告之上级要彻查他们，另一边，卢定军收到了重庆专员到张光墨师部的消息，正赶往师部。张光墨对高飞的话深信不疑，为保命他将高飞带到了机要室查看。高飞将张光墨支开去给专员夫人封格格送奎宁。高飞和金小班成功获取日军留下的重要资料，准备离开之时，却不料被张光墨强留住等待卢定军的到来。
高飞等人被困师部，紧张而焦急，幸亏贺敏出招，封格格假装晕倒被送往医院，众人顺利逃出师部。卢定军赶来师部才发现他们上了高飞的当，于是立马命人追捕高飞。高飞等人与卢定军的队伍交战中，沈冰在暗中协助。
高飞在机要室获取的资料中发现了日军在军火库制造细菌武器的秘密。军统站长发现沈冰瞒着高飞给他生了个女儿，于是他们启动了下一步计划。
重庆周专员等人逃走直奔司令部去声讨卢定军，反被卢定军当场射杀。高飞与贺光辉街头，决定下一步从地下暗道着手。军统特工暗中监视高飞的举动，发现高飞与云雨轩的关系不一般，于是决定启用沈冰。
卢定军方面发现高飞在云雨轩，派人前去逮捕高飞。此时，沈冰收到了铁面人的一份神秘指示：高飞在云雨轩有危险，沈冰手里的东西才能救他一命。沈冰立马开车前往营救，满心的担心和关切写在脸上。而高飞这时发现了卢定军带着大队人马已将云雨轩包围。
特工003第14集剧情介绍贺光辉和封格格提前撤离，留下高飞一人在云雨轩。卢定军来到云雨轩逼高飞承认射杀周专员，当高飞决定拼死一搏之时，沈冰带来了戴局长的指令，高飞竟然被任命为龙城侦缉队大队长。卢定军原本不相信沈冰，却接到了戴局长的电话，无奈只能接受事实，撤离了队伍。
沈冰告知高飞日军打算用细菌武器毁灭龙城，高飞为了龙城百姓的生命无奈答应与军统合作。封格格想留高飞住在云雨轩，而此时沈冰也前来告知，她以后也将住进云雨轩。二女一男在一个屋檐下的尴尬就此上演。
卢定军利诱警察局长要其待高飞上任后好好整治高飞。却不料，高飞上任第一天就大闹警局还把局长打了。高飞从被抓的一个小姑娘口中偶然得知了周专员被杀的线索。于是，高飞利用职务之便，大张旗鼓地抓获了卢定军亲卫队副队长的小舅子震东城，以分散卢定军的注意力，方便他暗中查找秋田的下落。不料，卢定军逼死了他的亲卫队副队长，并命沈燕茹派人混进警察局杀了震东城。
高飞得知震东城被杀的消息，决定接下来以维护治安的名义清剿了亲日商行逼秋田现身，而秋田虽大怒，却看穿了高飞想要引他现身的意图，于是他决定暂不行动，暗中观察。待秋田确认高飞手上有钥匙后，他决定派人联系当地可利用的势力——斧头帮试探高飞。警察局长向卢定军告高飞的状，不料，卢定军却说要支持高飞当青天大老爷。
特工003第15集剧情介绍高飞和沈冰分别收到了卢定军的邀请去参加舞会。沈冰的一身惊艳礼服装扮令高飞封然心动，回忆起了当年与其共舞拥吻的场面，二人关系缓和。卢定军在舞会上一边吹捧着高飞和沈冰，另一边派人将在门外等候他们的人挟持。高飞无奈只能配合卢定军在众人面前上演和谐的戏码。
日方重金雇佣斧头帮对付高飞。而贺光辉等地下党人正在开会，众人皆因高飞上任后的莽撞行为对其投了不信任票，只有封格格坚持相信他，此时，高飞突然找到了贺光辉地下党的联络点，将一封秘密的情报交给了贺光辉，终于获得了地下党员们的信任。
沈燕茹推断刘远很可能是日本人，而卢定军打算静观其变、坐收渔翁之利。斧头帮雨夜袭击高飞，高飞以寡敌众，将其打得一个个摊倒在地。日方见识了高飞的厉害，决定伺机而动。
高飞和沈冰商量着接下来的合作对策，而另一边卢定军偷偷谋划着设计嫁祸沈冰是杀死佟强的凶手，令高飞和沈冰二人反目。同时，日方也决定设下圈套对付高飞。
警察局长故意设计让高飞在证物箱里发现了佟强被杀的证物袋。此时，卢定军又计划找人假扮忍者刺杀高飞，嫁祸给日本人。高飞根据证物袋里的子弹怀疑沈冰是杀死佟强的凶手，沈冰气高飞对其不信任并没有否认，于是二人大打出手，怒气冲天的高飞想要置沈冰于死地，誓言与其决裂。突然，一伙蒙面黑衣人闯入刺杀二人，并故意告之是秋田指使的。一番交战后，果然，高飞在死者身上发现了忍者飞镖。高飞交代手下去顺清王府等待“老鱼头”的出现，随后才意识到沈冰不在身边，二人担心彼此的安危，焦急而担忧地寻找对方，割不断的感情无法掩藏，当发现彼此时，高飞却拿枪对准了沈冰。
