为了稳定朝中的混乱，太皇太后决定离开皇宫，带着端敏回到科尔沁草原，康熙执意不肯，然而此时除了这样已经没有别的办法了，为了能保住朝中的稳定，也为了能让满朝文武能够同心抗敌，太皇太后已经铁了心肠，执意离开。
就在这千钧一发的时刻，太皇太后建议康熙受命福全领兵出征，现在对于康熙只有这一个办法，康熙终于答应把兵权交给福全，福全决定领兵出征。
而且，为了稳定朝中局势，太皇太后决定把端敏许配给曹寅，成就端敏和曹寅的姻缘……
太皇太后密令曹寅带着端敏连夜出宫，就此远离朝廷，端敏和曹寅含泪答应，太皇太后不无感慨，这一切也都是为了康熙和大清的江山。
吴三桂大军已经到达长江南岸，大军已经做好了渡江的准备，与此同时，福全已经陈兵江边，严阵以待，一旦对方渡江，福全和纳兰已经决议，与对岸的吴三桂决一死战。
康熙秘史第38集剧情介绍千钧一发的时刻，吴三桂犹豫了，因为此时的吴三桂年事已高，他已经没有当年一往无前的英武，多了一些英雄的迟暮，加之吴三桂得知儿子吴应熊一家老小已经被康熙抓获，自己又中了纳兰的疑兵之计，吴三桂决定暂时按兵不动。
吴三桂思量再三，决定与不再进攻，和康熙分江而治，但是要康熙释放他的家人，但是喘息过来的康熙决定严词拒绝吴三桂的要求，他要用吴三桂家小的人头祭旗，并且命令做好一切准备，和吴三桂进行最后决战，至此康熙已经取得这场战争的主动权……
五年后，大局初定，纳兰找到康熙，希望随军远征，前往广州，康熙坚决不允，纳兰毅然决定辞官回家，康熙和纳兰之间隐隐的产生一种隔阂……
康熙的心中始终惦念着早已音信全无的青格儿，而且虽然江山初定，然而宫中形势也变得微妙起来，皇后赫舍里和惠妃都不由自主地陷入到日渐复杂的宫廷斗争中。
康熙秘史第39集剧情介绍康熙一心想补偿惠妃，这难免冷落了皇后赫舍里，加之惠妃对皇后赫舍里的儿子略显偏执的爱，康熙不由得担心起来。矛盾终于爆发，皇后赫舍里的孩子在一次与惠妃单独出游的时候，竟然蹊跷的死于一场意外……
承祜的死，让整个朝廷上上下下都起了波澜，各种猜测铺天盖地的袭来，康熙一边沉浸于丧子之痛，一边又被眼下局面搞得焦头烂额。康熙终于不能再抑制自己的情绪，竟然与规劝他的纳兰拔剑相向，险些要了纳兰的命，然而盛怒之下的康熙还是冷静下来，他命纳兰前去探望早已悲痛欲绝的惠妃。
纳兰去探望惠妃，然而惠妃的冷漠让纳兰感到此时的惠妃早已不是当年那个自己曾爱过的表妹，而且惠妃的偏执让纳兰感到一丝担忧，惠妃一定要查出孩子的死因，这让纳兰感到莫名的恐惧……
康熙秘史第40集剧情介绍纳兰的忧虑同时也遭到了康熙的冷嘲热讽，纳兰满心愤懑……
福全回京禀报康熙始终没有青格儿的消息，康熙不由得担忧起来，于是赐死了青格儿的丈夫。
此时的康熙已经成熟，他知道眼前这一切其实只是他要成为一个伟大皇帝必然要经历的过程，包括皇后赫舍里和惠妃所受的折磨，包括死去的自己两个孩子……
两年后，皇后赫舍里和惠妃又为康熙各自生下一个孩子，但是最终赫舍里因为难产而死，康熙钦定赫舍里的孩子为太子，日后继承大清江山。
康熙下江南去探望曹寅和端敏，感叹经历了太多事情之后，自己已经和原来大不一样了，然而当谈起纳兰，康熙的心里与纳兰之间的隔阂似乎更加加深了……
