中耳炎主要治疗方案是选择有效的抗生素药物，常用青霉素、红霉素、阿奇霉素、头孢霉素等，要求剂量足够、疗程至少1周以上。其他尚有耳朵局部的处理措施，如清洗、引流脓液、耳用抗生素药物滴剂和少量耳用粉剂等。
在医生的指导下用抗生素，不宜擅自停药，目前来说，若是两岁以下的宝宝，使用口服抗生素对抗中耳炎，疗程约为10天；两岁以上且无并发症者，则建议5～7日，但仍需视患者对抗生素治疗的临床反应来调整。
此外，家长的配合度及孩子是否按医嘱服药，如每日服用药物的次数、剂型及味道等，都是影响疗效的因素。故父母绝对要遵守医生的指示。如果宝宝不喜欢药水的味道，或是难以服药，可选用味道较佳的糖浆型药物，或是改以肌肉注射来代替。另外，需注意药物服用完毕后，应再回医院复诊，以确定治疗是否有效，是否需更换药物，或是需更久的疗程，治疗一定要彻底，以免留下反复感染，影响听力的后遗症。
有30～70%的宝宝，在使用抗生素治疗急性中耳炎10～14天后，会产生中耳积液，大部分的积液会在3个月内，自动经人体吸收、消失，对健康无太大的影响，不需过分担心。如果宝宝只有中耳积液，没有其他症状，可建议先采用追踪观察的方式，即每1个月或1个半月，做1次耳镜检查；而在追踪其间，应改善家庭环境，如尽量避免接触环境里的香烟；减少使用安抚奶嘴；不要躺着喂奶或喂母乳等。
家长需注意，如果经过1个半月的追踪后，中耳积液情形仍未改善，就可考虑是否使用抗生素治疗及评估听力状况。3个月后若中耳积液仍存在，建议做听力测验，若确定对听力无影响，可以继续观察，或服用抗生素，并配合改善家庭环境来帮助宝宝。但此时如果听力已受损且达20分贝以上，应使用抗生素治疗或是做耳膜切开术放置引流管治疗。如果4～6个月后仍有积液未消，且两耳听力皆丧失达20分贝以上，则两耳均需做耳膜切开放置引流管的动作，并视情况是否需长期服用抗生素。
