杨羽桦的杨氏集团面临着破产的危险，杨羽桦只好托人低价把他的不动产全都给卖了，然后自己准备拿着钱离开上海。杜旅宁见到了荣初，他说荣初现在是功不可没，而且还研制出了疫苗。杜旅宁知道了中田樱子带着细菌弹逃跑了之后就派人去严加追捕。
杜旅宁让杨慕次不准离开侦缉处半步，还说自己不想看见他卷进亲情的漩涡里面，因为他的亲生父母已经死了，他现在父母都是凶手。杜旅宁负责全权消灭日本人的雷霆计划，他在杨慕次家里面搜查的时候发现了一张地图，随后杨慕次猜想日本人的细菌弹发射装置应该藏在教堂里面。
中田樱子果然带着人去了教堂里面拿发射装置，这时候侦缉处和宪兵司令部的人赶到了和他们发生了激烈的交火，但是中田樱子逃跑了。杨慕次知道了杨羽桦变卖了家产准备走了之后他去找了杨羽桦。但是荣初赶在杨慕次前面抓走了杨羽桦，他说自己是赶来送他上路的。
荣初给杨羽桦说了一番话，说了他的恶行，随后荣初拔出了枪要杀了他。杨羽桦说自己是迫不得已的，自己二十多年来的每天都在深深的自责之中。这时候杨慕次赶了过来，他说杨羽桦养了他二十多年，自己想跟他说几句话，也算是尽一点孝道，荣初听后答应了他给杨羽桦说几句话。
杨慕次说自己至始至终都想不明白他为什么能干出这种伤天害理的事情，杨羽桦说了自己的无奈和自己就是想为杨家留了后代，也是为了良心上面能好受一点。杨慕次说他应该勇敢的揭露出日本人的恶行，然后让真想公之于众，让他自己去面对犯下的错误，让他给所有受害的人一个交代。
杨慕次说如果他愿意承担所有的罪责，愿意面对自己犯下的错误，那么自己愿意为他戴孝封棺。杨羽桦正要说话的时候被一个狙击手瞄上了然后一枪给打死了，杨慕次心理面也十分的难过，其他的人看到了之后赶紧去抓捕那个狙击手。
杨慕次去了荣华的书店，他始终不能释怀自己对荣华的思念和爱，俞小江去书店找到了杨慕次。俞小江说要送杨慕次回家，杨家的资产已经全部被法院给冻结了，荣初已经买下了杨家的所有产业。俞小江说让他去荣初家里面住，还说这是命令，随后俞小江还说现在战事紧张，军统站已经制定出了上海沦陷之后留守在上海继续潜伏的名单，他们两个人都在上面。
通天密令第31集剧情介绍杨慕次去了荣初家里面，荣初十分的高兴，杨慕次见雅淑也在荣初家里面就开口跟雅淑叫了声大嫂。吃饭的时候荣初说自己想带着他回一趟南京把他们的父母再重新的好好安葬一次。侦缉处接到了上级的命令，对杨慕次以后工作作出了指示，俞小江看了之后说杨慕次估计是不会答应的。
杜旅宁告诉杨慕次说上海很快就会落入敌手，他和余秘书就是第一批潜伏下来的人员。杜旅宁说他大哥荣初在上海的商界和政界地位颇高，一定会获得日本人的青睐，随后他告诉杨慕次说让他代替荣初在上海的地位跟日本人达成共识，然后做一个双面间谍。杨慕次听后说要他跟日本人合作荣初肯定是不会答应的，杜旅宁听后说要是万不得已就做掉荣初。
杨慕次听了之后说不能这么做，他会想办法说服荣初的，杜旅宁听后也十分的生气，他说如果戴局长知道了会立刻杀了荣初的。杨慕次说如果非要死一个的话那自己宁可是自己死。南京方面的人已经接到了戴局长的命令想要杀了荣初，杨慕次担心的不行，杜旅宁给出了个主意说先保住荣初再说。然后在想其他的办法。
荣初跟雅淑回了上海，他问杨慕次到底出什么事情了，杨慕次说军统局对他下了密杀令。荣初想了想知道了军统局的想法，他问杨慕次想到了办法没有，杨慕次说还没有，荣初说自己一定会找机会跟杜旅宁好好谈谈。
上海的局势一天比一天紧张，荣初在杜旅宁去侦缉处的半路上面劫持了他跟自己见了面。荣初给杜旅宁说自己之所以把他抓过来就是想说说自己以后能否生存的问题。刘副官慌慌张张的跑回了侦缉处说杜处长有危险，在荣初手上，俞小江听了之后让他先去销毁档案，然后再去救杜处长。
荣初用自己的智慧给杜旅宁说了一番话，让他有了不杀自己也不能杀的理由，杜旅宁走了，他告诉杨慕次说荣华是他的好大哥，但是将来以后还有可能是他的劲敌。杜旅宁给杨慕次办了新的身份证明，他告诉俞小江说现在的当务之急是销毁能证明他们的身份的机密资料，赶在日本人赶到之前毫发无伤的潜伏下来。
中田樱子在日军即将攻入上海城的时候派阿春去给荣初送一封信，他说自己一定要亲手杀了荣初。中田樱子收到了军部的命令要停止实行雷霆计划，但是雷霆计划是她毕生的心血，她一定要把它付诸行动。荣华的母亲因为思念荣华郁郁寡欢而离开了人世。
