子宫内膜薄的原因有全身因素和局部因素两种，全身因素一般是内分泌失调，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是内膜损伤，粘连和缺如等。
人工流产是子宫内膜薄的最主要因素，因为人流手术后的很多患者都会很久都不来月经，说明人流手术严重伤害了子宫内膜，造成子宫内膜薄。妇科专家说，因为人工流产造成的子宫内膜薄一般需要很长时间恢复，有的患者甚至无法恢复所以专家建议人流手术后的患者如果过久没有月经来，就要到医院进行检查。
内分泌严重失调的女性会导致体内激素失衡，使子宫内膜出现周期性变化紊乱，导致子宫内膜薄。子宫内膜是构成哺乳类子宫内壁的一层，会随着性周期发生变化，对动情素和孕激素都起反应，动情素可引起子宫肥大，孕激素可促使子宫内膜发生特殊的妊娠初期变化，或改变子宫内膜的性质，使之具有产生蜕膜的能力。
子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略，临床上，有的患者的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种子宫内膜薄是先天性的，一般很难治疗。
