皇上去看望风燕，风营趁机溜进皇上的寝宫用手里的玻璃碎片企图划伤彩蝶的脸，谁知掀起被子发现床上躺着的是晁香叶。风营划伤了晁香叶逃回风燕宫中，以为自己杀死了晁香叶。风燕答应替风营去打探消息，她来到皇上寝宫，发现晁香叶躺在皇上的龙榻上却只是昏迷，忽然彩蝶走拉进来，彩蝶知道是风营干的，说出去告发风营，而风燕却用彩蝶和晁香叶掉包的事情来威胁彩蝶，使彩蝶不敢轻举妄动。
太后得知晁香叶遇刺十分震怒，彩蝶不敢说出是风营，太后忽然意识到有可能刺客是冲着皇上来的，为了皇上的安危，太后急忙去找皇上说明自己和德妃靖王的恩怨，要皇上杀掉靖王以绝后患。皇上听到太后的话却坚持不肯杀害自己的亲兄弟，皇上问起太后当年先皇有没有诏书废长立幼，太后谎称没有，皇上安下心做自己名正言顺的皇上，并且告诉太后不要伤害靖王。
皇上故意试探靖王，靖王提出准备出兵南诏，皇上派晁庸做靖王的副将，靖王只好同意。为了靖王的安危，段涛决定提前起义，可是在起义之前一定要搞到先皇的遗诏，彩蝶答应段涛一定努力找到遗诏。田宗负责先皇遗物作为祭祀用品清点，田宗奉上遗物清单，彩蝶借机借来田宗祭祀用品清单，当看到进贡的花盆如水可以改变颜色，彩蝶忽然明白了遗诏的藏身地点。彩蝶急忙去藏珍阁寻找花盆，不料藏珍阁突发大火，彩蝶为救花盆昏倒在火场，倒地时紧抱花盆，杜况发现了彩蝶并且救出彩蝶，整夜照顾彩蝶。彩蝶醒来急忙拿出花盆浇上水试验，果然显出遗诏。
彩蝶把花盆交给段涛，段涛拿回靖王府给蔡将军和靖王风燕查看，众人大喜，却不料丹灵公突然到访，并说出南诏王改变了主意，虽然答应出兵相助，却提出条件，众人问起丹灵公主南诏王提出什么条件，丹灵公主不肯说出。风燕安排丹灵公主在靖王府休息，丹灵公主向风燕说出自己的父王要求靖王娶丹灵为妻，也就是要丹灵做上大唐的皇后，如此才肯出兵。
风燕回宫发现风营继续食用醉凝脂，风燕劝说风营不听，风营说出自己想当上皇后，可以效仿宁皇后假怀孕，然后随便抱个孩子来说是自己生的。风燕在宫里面见彩蝶问起晁香叶代替彩蝶侍寝的事情，彩蝶反而讽刺风燕管好自己，
风燕去见蔡将军，蔡将军问起南诏王的发兵条件，风燕说出实情，蔡将军要风燕去劝说靖王答应南诏国条件，事成之后大可以毁约。不料两人的对话被风营听见，风营见靖王果然有谋反之心，担心靖王谋反后不会放过自己，暗中决定破坏靖王好事。
凤图腾第37集剧情介绍深夜风燕前来靖王府劝说靖王答应南诏国迎娶丹灵公主，谁知却被姜玉贞在暗处听见两人密谋并且去告诉了太后，以此换取当上皇后的筹码。田宗报告太后藏珍阁已经失火，所有先皇遗物全部在大火中失去，太后暗喜，自己还没下令这火就着了起来，去掉了自己的心病。太后派晁庸跟随靖王出兵南诏国，只要靖王和南诏达成借兵协议，就当场斩杀靖王。
靖王起兵南诏之日，皇上亲临阅兵，忽然大旗倒下，靖王替皇上挡住大旗，皇上赐酒靖王，却把酒倒在地上转身离去。皇上回到宫里太后前来探望，皇上告诉太后藏珍阁的大火正是他命人点燃。皇上明白先皇一定留有遗诏要靖王继位，如今靖王不论以任何名义起义都是谋朝篡位。皇上觉察风燕躲在柱子后面偷听他和太后的谈话，答应风燕为了她能当上皇后也要做好皇上。
皇上到寺庙礼佛，并且准备明日用佛骨进宫。段涛随行，并在暗中交给风燕一包毒药要她下到皇上的杯子里，风燕刚要动手却被风营阻拦。风营因为久服醉凝脂已经失去了无感，眼不见耳不闻食而无味嗅而无觉。风燕见风营已经受伤，不忍风营流离失所，风营说出只有皇上才是她们姐妹的唯一依靠。
靖王和丹灵公主谈判，靖王不肯答应南诏王的条件，并且说出自己才是大唐的真命天子，丹灵公主被靖王的英雄气概折服，答应出兵相助把南诏国兵符交给了靖王。晁庸见靖王果然造反下令诛杀靖王，靖王和蔡将军力敌晁庸的禁卫军，最终将晁庸捉拿。众将士齐呼靖王万岁，拥戴靖王。
皇上车马回宫路上遭到了靖王的伏击，风燕担心皇上安危急忙跑到皇上的车里，皇上命人驾车疾奔，靖王单枪匹马追赶皇上马车。皇上马车不慎翻车，皇上带着风燕逃进树林。风燕出去替皇上寻找食物，讨来两个花卷，耐心矛盾挣扎，回想段涛的话，几欲毒杀皇上，却又念及皇上对自己的好，不忍下手。忽然发现药包破损已经有药粉撒在了花卷上。
风燕回去找到皇上，皇上喊饿，风燕终于不忍，拿了无毒的花卷给皇上。皇上不肯独食分了一半给风燕。皇上用树叶盛来树上的露珠给风燕解渴，风燕倍感温馨，皇上主动出去找吃的，风燕久候皇上不见归来，不免心急出去寻找，却见到靖王抓到了皇上正欲行刺。
风燕上前阻挡靖王刺杀皇上并向靖王求情放过皇上，靖王质问风燕为何皇上可以活到现在，风燕回答皇上从来没有伤害过她，她下不了手伤害皇上。两人争执中太后带着孟公公和神策军到此，段涛也带兵赶到。太后指责段涛带领靖王谋朝篡位，靖王说出自己才是真命天子。太后下令孟公公用彩蝶做为人质押到悬崖边，风燕主动走到段涛身边要段涛用自己做人质。
段涛也把风燕挟持，太后下令射杀风燕，皇上急忙出言阻拦。风燕挣扎着挣脱孟公公的掌控却不慎跌落山崖，风燕急忙抓住彩蝶的手，两人一起滚落山崖。风燕在谷底到处寻找出路，彩蝶却采药为风燕疗伤，两人回复从前又做起了好姐妹。彩蝶每天用发簪在树叶上刺字，上书先皇密诏。风燕问起彩蝶，彩蝶说出两边的人发现后都会找来这里，就算不被两边的人发现，也让天下人知道先皇的密诏，靖王才是真命天子。风燕惊问彩蝶原来一直在宫里暗中帮助段涛的人就是彩蝶。
凤图腾第38集剧情介绍(大结局)风燕见到彩蝶在树叶上写字 ，才知道彩蝶在宫中一直为靖王做事，风燕知道自己误会了彩蝶，原来以为彩蝶进宫就是为了和她争宠和报复她，她要证明给风燕看，风燕不择手段那一套是行不通的。彩蝶说出自己原本就是为了报复风燕才进宫的，可是进宫后发现有些事情是身不由己，所以理解了风燕。彩蝶责怪风燕不该维护风营那种为了私利可以对小孩子下手的恶人。风燕理解风营，她从小经历太多磨难，为了生存甚至不惜出卖自己的身体。风燕羡慕彩蝶在后宫仍然能够保持清洁，而她自己却没有能力保护自己，这些都归根于彩蝶的心地善良。两姐妹彻夜长谈，再次把心交给了对方。
第二天两人发现谷口上面有人大喊，许多的将士涌到这里把两人救了出来。两人出得谷底重见天日，皇上和靖王同时来迎接他们。靖王和段涛被皇上戴上枷锁，段涛讲诉了两人失足落崖后的经过。原来两人落崖后靖王急忙请求太后先行救人，太后以江山威胁靖王，只要他投降即可立即救人，否则就是一场厮杀，靖王顾及两人安危，只好弃械投降。
彩蝶见靖王为了自己和风燕甘愿放弃江山，责怪靖王不值得。靖王却对风燕说出对于他来说这个世界没有什么比她们二人更重要。飞鸿被关押在天牢里，皇上亲自去天牢看望靖王，并且问起飞鸿如果换成是他坐进天牢，飞鸿会不会也像他一样来探望。皇上见飞鸿对自己不理不睬，说出飞鸿真的是什么都不在乎，飞鸿却突然开口请求皇上好好照顾彩蝶和风燕。皇上拿出写有遗诏的花盆，当着飞鸿的面摔碎。飞鸿却丝毫不为所动，皇上知道飞鸿真的什么都已经不在乎了。
皇上当晚命令风燕和彩蝶陪自己饮宴，皇上喝的酩酊大醉，下令朝南从明天开始这个世界再也没有这两个人。朝南惊叹以为皇上要下令杀了她们。可是第二天一群侍卫压着风燕和彩蝶来到一条河畔，并蒙住几人的双眼，飞鸿和彩蝶风燕被一同押来，飞鸿见到侍卫们准备好的干粮和竹筏，他们知道皇上要放他们逃生。
飞鸿带着风燕和彩蝶泛舟湖上，几人悠哉悠哉的提起前尘往事，回首人生几人感叹人生美好。几人约好明天一起看日出，可是当飞鸿入睡后，风燕却告诉彩蝶她已经回不到过去，因为她感觉欠彩蝶的太多了。风燕决定离开他们，并且要彩蝶好好照顾飞鸿。第二天彩蝶和飞鸿醒来后发现风燕已经不在。
皇上在宫里抱着白兔思念风燕，忽然见风燕回心转意主动回到宫中，皇上惊喜万分，风燕告诉皇上她已经舍不得离开他。风燕来看风营，风营已经完全失明。杜况拿来药膏和药房送给风燕，说出有人送来此药房，说出可以降低醉凝脂带来的伤害，风燕见到盒子里绣的燕子图案，知道是彩蝶一直在关心着她，不禁流下激动的泪水。
风燕为皇上献舞，太后感叹皇后这个位置已经别无他选了。忽然云尚宫手拿尖刀来刺杀皇上要为德妃报仇，太后急忙扑向皇上，为皇上抵挡住致命的一刀，云尚宫被杀，皇上为太后守孝三年。在太后去世三年后才封了产下皇子的风燕为皇后。(全剧终)
