目前仍未有确切证据能证实婴儿猝死是由某种特定原因引起。医生和研究者们已经认识到并不是哪一个单纯的因素导致了该症，它应该是诸多因素联合产生的结果，其中的几个因素包括脑部缺陷、免疫系统异常、新陈代谢紊乱、呼吸调节机制发育不足或心跳失调。婴儿猝死多由以下因素合并身体原因共同引起：
1、环境因素
妊娠因素：可增加婴儿猝死危险性的因素许多与产科有关，提示将发生婴儿猝死者其宫内环境不是最佳的。婴儿猝死患儿通常是多产次、母亲未成年、与上次怀孕间隔时间短。
睡眠环境：研究证明俯卧位睡眠可增加婴儿猝死的危险，睡眠环境过热也容易让婴儿患上“捂热综合症”，导致婴儿猝死。
吸烟：父母亲吸烟是婴儿猝死最重要的危险因素，被动吸烟影响婴儿呼吸系统，容易导致猝死。
2、大脑缺陷
越来越多的证据表明有些死于婴儿猝死综合症的婴儿脑干发育异常或不成熟，而正是大脑的这部分控制着睡眠期间的呼吸和苏醒。通常情况下，婴儿能够感觉到诸如缺氧和二氧化碳过多之类的问题；但是当大脑发育异常的时候，他们就有可能缺乏这种保护机制，导致婴儿睡眠时无法因缺氧或吸入二氧化碳过多而觉醒，最终致死。
3、免疫系统缺陷
研究表明，有些死于婴儿猝死综合症的婴儿，其免疫系统产生的白细胞和蛋白质的数量高于正常水平。这其中的一些蛋白质会与大脑互动在睡眠期间改变心跳和呼吸的频率或让婴儿进入深层睡眠。
4、新陈代谢紊乱
患有先天性新陈代谢紊乱的婴儿更容易死于婴儿猝死综合症。举例来说，如果他们缺少某种特定的酶，他们就有可能无法正常地处理脂肪酸，导致这些酸性物质因无法分解而堆积起来，最终导致呼吸和心脏快速而且致命的崩溃。研究还表明，男孩比女孩更容易患上此症，某些人种比其它人种更容易成为这种病症的受害者，如美籍和非裔的婴儿死于婴儿猝死综合症的比例更高。
